El genoma inicial del COVID-19, compuesto por 30.000 letras, se dio a conocer en enero de 2020.
Desde entonces, se han notificado mutaciones (que consisten en un cambio de letra en el genoma) en todo el mundo.
Más de 13.000 de estos cambios se encuentran ahora en los 100.000 Sars-CoV-2 secuenciados hasta la fecha.
Sin embargo, dos virus cualesquiera de dos pacientes cualesquiera del mundo difieren, de media, en solo 10 letras, lo que significa que el Sars-CoV-2 forma parte de un único linaje clonal.
A principios de enero se publicó la primera secuencia genómica del Sars-CoV-2 (el virus que causa el COVID-19) con el sobrenombre de «Wuhan-1». Esta cadena de 30.000 letras (las A, T, C y G del código genético) marcó el primer día en la carrera por comprender la genética de este coronavirus recién descubierto. Ahora, otros 100.000 genomas de coronavirus tomados de pacientes con COVID-19 en más de 100 países se han unido a Wuhan-1. Genetistas de todo el mundo están analizando los datos en busca de respuestas. ¿De dónde procede el Sars-CoV-2? ¿Cuándo empezó a infectar a seres humanos? ¿Cómo muta el virus y es importante? La genómica del Sars-CoV-2, al igual que el propio virus, creció en volumen y se extendió a escala mundial.
El término mutación suele evocar imágenes de nuevos virus peligrosos con capacidades mejoradas que se propagan por el planeta. Y aunque las mutaciones surgen constantemente y a veces se extienden (las primeras mutaciones del Sars-CoV-2 se difundieron por el mundo mientras el virus se propagaba casi sin ser detectado), son una parte perfectamente natural de cualquier organismo, incluidos los virus. La gran mayoría no tiene ningún efecto sobre la capacidad de un virus para transmitirse o causar enfermedades.
Una mutación significa simplemente una diferencia: un cambio de letra en el genoma. Aunque la población de Sars-CoV-2 era genéticamente prácticamente invariable cuando saltó a su primer huésped humano a finales de 2019, más de 13.000 de estos cambios se encuentran ahora en los 100.000 Sars-CoV-2 secuenciados hasta la fecha. Sin embargo, dos virus cualesquiera de dos pacientes cualesquiera del mundo difieren, de media, en solo diez letras. Esto representa una fracción mínima de los 30.000 caracteres totales del código genético del virus y significa que todos los Sars-CoV-2 en circulación pueden considerarse parte de un único linaje clonal.
Mutación lenta
Pasará algún tiempo hasta que el virus adquiera una diversidad genética considerable. El Sars-CoV-2 muta con bastante lentitud para ser un virus, y cada linaje adquiere un par de cambios cada mes; entre dos y seis veces inferior al número de mutaciones que adquieren los virus de la gripe durante el mismo periodo.
No obstante, las mutaciones son la base sobre la que puede actuar la selección natural. Lo más habitual es que las mutaciones inutilicen un virus o no tengan ningún efecto. Sin embargo, existe la posibilidad de que las mutaciones afecten a la transmisibilidad del Sars-CoV-2 en sus nuevos huéspedes humanos. Por ello, se han realizado intensos esfuerzos para determinar cuáles, si las hay, de las mutaciones identificadas desde que se secuenció el primer genoma del Sars-CoV-2 en Wuhan pueden alterar de forma significativa la función viral.
Una mutación tristemente célebre en este contexto es un cambio de aminoácido en la proteína de la espícula del Sars-CoV-2, la proteína que confiere a los coronavirus sus característicos salientes en forma de corona y les permite adherirse a las células huésped. Este cambio de un solo carácter en el genoma viral (denominado D614G ) ha demostrado aumentar la infectividad del virus en células cultivadas en laboratorio, aunque sin un impacto medible en la gravedad de la enfermedad. Aunque esta mutación también aparece casi sistemáticamente junto con otras tres mutaciones, y las cuatro se encuentran ahora en alrededor del 80 % de los Sars-CoV-2 secuenciados, lo que la convierte en el conjunto de mutaciones más frecuente en circulación.
El problema con D614G, como con otras mutaciones, es determinar si su frecuencia ha aumentado porque estaban presentes en los virus responsables de los primeros brotes exitosos, o si realmente confieren una ventaja a sus portadores. Si bien el trabajo de genómica con un conjunto de datos del Reino Unido sugiere un papel sutil de D614G en el aumento de la tasa de crecimiento de los linajes que lo portan, nuestro propio trabajo no pudo encontrar ningún impacto medible en la transmisión.
Simplemente arrastradas
D614G no es la única mutación que se encuentra con una frecuencia elevada. Una cadena de tres mutaciones en la cubierta proteica del Sars-CoV-2 también aparece cada vez más en los datos de secuenciación y se encuentra ahora en un tercio de los virus. Un cambio único en la posición 57 de la proteína Orf3a, una región inmunogénica conocida, aparece en un cuarto. Existen otras mutaciones en la proteína de la espícula, mientras que innumerables otras parecen inducidas por la actividad de nuestra propia respuesta inmunitaria. Al mismo tiempo, no hay consenso en que estas, ni ninguna otra, estén cambiando de forma significativa la transmisibilidad o la virulencia del virus. La mayoría de las mutaciones simplemente se arrastran mientras el Sars-CoV-2 sigue propagándose con éxito.
Pero las sustituciones no son las únicas pequeñas modificaciones que pueden afectar al Sars-CoV-2. Se ha demostrado que las deleciones en los genes accesorios Orf7b/Orf8 del Sars-CoV-2 reducen la virulencia del Sars-CoV-2, lo que podría dar lugar a infecciones más leves en los pacientes. Una deleción similar podría haber actuado de la misma manera en el Sars-CoV-1, el coronavirus relacionado responsable del brote de Sars de 2002-04. Una progresión hacia un Sars-CoV-2 menos virulento sería una buena noticia, aunque las deleciones en Orf8 han estado presentes desde los primeros días de la pandemia y no parece que aumenten en frecuencia.
Aunque aún pueden producirse cambios adaptativos, todos los datos disponibles en esta fase sugieren que nos enfrentamos al mismo virus desde el inicio de la pandemia. Chris Whitty, director médico de Inglaterra, hizo bien en desmentir la idea de que el virus se ha mutado hasta volverse más leve que el que llevó al Reino Unido a imponer un confinamiento en marzo. Las posibles disminuciones de la gravedad de los síntomas observadas durante el verano se deben probablemente a que se han infectado personas más jóvenes, a las medidas de contención (como el distanciamiento social) y a la mejora del tratamiento, más que a cambios en el propio virus. Sin embargo, aunque el Sars-CoV-2 no ha cambiado de forma significativa hasta la fecha, seguimos ampliando nuestras herramientas para rastrear y seguir su evolución, preparados para mantener el ritmo.
